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Stupp在返回西北大学不久后，其研究便有了重大突破。2001年，Stupp和博士后研究员Jeffrey Hartgerink发现了一类新的两亲性多肽，它们具有自组装成能模仿细胞外基质成分的纳米级细丝的能力。这些两亲性多肽由一个与特殊设计的肽序列相连的疏水烷基尾部组成，可在水中自主形成高纵横比的纳米纤维，并在其表面呈现极高的生物信号密度。这些分子彻底改革了再生医学生物活性材料领域，其潜在的应用包括：骨骼和软骨再生，用于局部缺血或外周动脉疾病的血管生成，癌症治疗，神经退行性疾病的新疗法，干细胞分化，脊髓损伤，糖尿病，和许多其他领域。

另外，Stupp的实验室正在进行分层自组装，太阳能新材料和自组装催化系统的基础研究。

Stupp已发表包括Science, Nature，JACS在内的300余篇顶级学术期刊。他同时还拥有20多项专利，并创立了一家名为Nanotope的公司，将其两亲性多肽技术商业化。Stupp还被汤普森路透社列为2000-2010十年间被引用次数最多的100位化学家之一。迄今为止，他共指导了数百名研究生和博士后。

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