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* 1954年7月20日：明治村和长者村的部分地区被并入越知町。
* 1954年10月10日：佐川町的山室地区被并入越知町。
* 1958年4月1日：佐川町的部分地区被并入越知町。
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过去在令制国时代属于近江国浅井郡，16世纪一度掌控北近江的浅井氏即在东部的小谷山建立小谷城，作为其主要据点。
在江户时代大部分区域都属于彦根藩的领地，此外也有少部分区域属于淀藩、三河吉田藩、山形藩、郡山藩、膳所藩及幕府直属领或旗本领，而此地的幕府直属领及旗本领则是由位于滋贺郡大津的大津奉行负责管理。
19世纪末明治维新后，原先的幕府直属领先后改隶属大津裁判所及大津县，山形藩因加入奥羽越列藩同盟与新政府对抗，战后于1870年被改封至此，在此设立朝日山藩；不过在1871年实施废藩置县后，原属各藩的区域改隶彦根县、淀县、膳所县、朝日山县、丰桥县；不过在仅四个月之后的府县整并中，全数区域都被并入长滨县，此后经历更名为犬上县后，在1872年底，犬上县又与当时负责近江国南部区域的滋贺县合并为现在的滋贺县。
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分子生态学是利用进化生物学理论，采用分子生物学和基因组学的实验方法和技术手段、统计学和数学的分析方法，通过计算机科学的技术和算法，旁及地学、古气候学等, 研究物种和种群的遗传变异及表观遗传变异、遗传谱系, 探讨生物多样性演化、生物地理演化、物种分化、生态适应等的生态学和进化生物学机制。
研究范围包括种群演化历史、种群分化和物种形成机制、寄主选择、配偶选择、繁殖行为、生殖方式、精子竞争、扩散和建群、遗传谱系地理演化、遗传分化和局部适应、生态适应的遗传基础、气候变化的生态学和进化生物学后果、生物对环境变化的响应机制、遗传多样性评估、食性鉴定、觅食行为、濒危生物贸易的监测、个体和种群鉴定、外来入侵种溯
源及入侵机制、遗传修饰生物的生态风险评估、有害生物防控等。
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