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新美鞭菌门真菌通过游动孢子在反刍动物的胃中繁殖。游动孢子具有基体，但缺乏多数壶菌所具有的无鞭毛中心体。已知新美鞭菌门真菌还能利用基因水平转移制造木聚糖酶（其基因来自细菌）及各种葡聚糖酶。其细胞的核被膜在有丝分裂过程中始终保持不变，亦为其特征。
新美鞭菌门真菌缺乏线粒体。它们通过氢化酶体把NADH氧化为NAD+，释放H2作为产物。
新美鞭菌门真菌在其宿主对纤维的消化中扮演了重要角色。它们在主要摄入高含量纤维食物的动物的消化道中大量存在。由这些厌氧真菌制造的多糖降解酶可以水解许多不易降解的植物聚合物，因此可以将非木质化的植物细胞壁全部降解。这些多糖降解酶形成多蛋白质复合体，类似于细菌的纤维小体。
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核糖核酸酶P（Ribonuclease P，简写为RNase P）是一种核糖核酸酶。核糖核酸酶P也是一种核酶，即由一个RNA分子发挥催化活性，它是第一个被发现的蛋白质以外具有催化活性的生物大分子。它的功能是剪切tRNA分子中RNA上多余的或前体的多余序列。它的发现者悉尼·奥尔特曼在1970年代在研究前体tRNA中发现它可以剪切RNA的5'端，悉尼·奥尔特曼也因此获得了1989年度的诺贝尔化学奖。近期的研究发现核糖核酸酶P也具有一些新的功能，例如人类细胞核中的核糖核酸酶P对于正常并有效地转录多种非编码RNA（包括tRNA、5S rRNA、SRP RNA和U6 snRNA）的基因是必要的，这些基因是由RNA聚合酶III（人类细胞中三类主要的RNA聚合酶之一）来进行转录。
在细菌中，如大肠杆菌，核糖核酸酶P具有两个组分：一条RNA链（称为M1-RNA）和一个蛋白质（称为C5蛋白）。在细胞内，这两个组分对于功能的发挥都是必要的；但在体外（in vitro），M1-RNA可以独自发挥催化的功能。C5蛋白的作用主要是增强底物结合的亲和力，而活性位点金属离子结合亲和力的提高很可能能够加强M1-RNA的催化速率。细菌核糖核酸酶P的晶体结构显示它具有一个由共轴堆积的螺旋结构域构成的平整表面，这样一个平的表面有助于底物前体tRNA分子的结合和剪切。
在古菌中，核糖核酸酶P含有4-5个结合RNA的蛋白质亚基。体外重构实验显示，这些亚基中的每一个都通过核糖核酸酶P中的RNA组分参与对于tRNA的处理。古菌核糖核酸酶P中的蛋白质亚基结构已经通过X射线晶体学和NMR被解析，进一步揭示了这些亚基结构与功能的关系。
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