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Cas9需要2条RNA分子来做DNA的剪切，然而，Cpf1只需要1条。Cas9蛋白在切割DNA双链时，两条链上的切口在两链的相同位置上，所以留下的末端是平末端（非粘性末端）。Cpf1蛋白则不同，其在DNA两条链上的切割位点不在同一位置上，因此会产生粘性末端。由于粘性末端的缘故，在Cpf1酶切末端上插入新序列比Cas9的酶切末端上更容易。
Cpf1只需要1个RNA序列来导引，并且不需要tracrRNA(tracrRNA在别的CRISPR/Cas系统中起到了促进引导RNA形成的作用)。Cpf1蛋白还使用了富含T碱基的PAM序列。
Cpf1是在细菌的基因组数据库中搜索出来的，而且Cpf1基因在很多物种的基因组中都出现了 最终用于基因编辑的Cpf1蛋白是从16种含有Cpf1的细菌中的2种(Acidaminococcus和Lachnospiraceae )中提取出来的。
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