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在细菌中，如大肠杆菌，核糖核酸酶P具有两个组分：一条RNA链（称为M1-RNA）和一个蛋白质（称为C5蛋白）。在细胞内，这两个组分对于功能的发挥都是必要的；但在体外（in vitro），M1-RNA可以独自发挥催化的功能。C5蛋白的作用主要是增强底物结合的亲和力，而活性位点金属离子结合亲和力的提高很可能能够加强M1-RNA的催化速率。细菌核糖核酸酶P的晶体结构显示它具有一个由共轴堆积的螺旋结构域构成的平整表面，这样一个平的表面有助于底物前体tRNA分子的结合和剪切。
在古菌中，核糖核酸酶P含有4-5个结合RNA的蛋白质亚基。体外重构实验显示，这些亚基中的每一个都通过核糖核酸酶P中的RNA组分参与对于tRNA的处理。古菌核糖核酸酶P中的蛋白质亚基结构已经通过X射线晶体学和NMR被解析，进一步揭示了这些亚基结构与功能的关系。
在真核生物中，如人类和酵母，核糖核酸酶P的RNA链与细菌中所发现的在结构上相似，并含有9-10个与RNA链结合的蛋白质亚基，，其中5个亚基与古菌核糖核酸酶P中的5个亚基具有同源性。这些亚基同时也是核糖核酸酶MRP（RNase MRP，一种催化性核糖核蛋白，参与细胞核中核糖体RNA的剪切）的组成亚基。真核生物的核糖核酸酶P中的RNA组分直到最近才被证明是核酶；其蛋白质亚基自身对于底物tRNA的剪切只具有次要作用，这些亚基可能是在核糖核酸酶P和核糖核酸酶MRP的其他功能（如基因转录和细胞周期）中发挥主要作用。
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