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在真核生物细胞里，DNA的染色质复合体结构像原核生物的超螺旋一样折叠。虽然增强子与基因相距很多核苷酸，但在几何上两者距离很近。使增强子与总转录因子及RNA多聚酶II的相互作用成为可能。增强子可以在被它调控基因的上游或下游。而且增强子不一定靠近转录起始位点才能调控基因转录，已发现有些距离达几十万碱基对。增强子通过与激活蛋白的结合对启动子（不直接对启动子本身）起作用。这些激活蛋白与中介体相互作用，后者通过与RNA聚合酶II和总转录因子结合开始基因转录。曾经在内含子内发现增强子。有时增强子的方向颠倒后并不影响它的功能。而且增强子可被切除并插入到染色体的其他位置，仍然影响基因转录。这就是虽然内含子并不转录但其多态性会起作用。
目前对于增强子诱发的信息处理有两个不同的理论：
* 增强子体——依赖高度合作协调行动，可被移动或去除单一蛋白结合位点的单一点突变破坏。
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